Bộ phim xoay quanh Conan và Haibara cùng với câu chuyện tại tòa tháp đôi cao nhất Nhật Bản. Tại đây đã xảy ra 3 vụ án và thủ phạm đều để lại một chiếc tách sake. Ở hiện trường, hai tên Áo đen là Gin và Vodka phát hiện Haibara. Chúng quyết định đặt bom tại tòa tháp đôi để thủ tiêu Haibara đồng thời xóa sạch dữ liệu của tập đoàn xây dựng tòa tháp. Trong sự tuyệt vọng, Haibara định tự sát bằng quả bom hẹn giờ. Cô may mắn đã được Conan cứu thoát.